El fagot exige necesariamente una limpieza inmediata siempre después de haber sido usado. Al tocar, no se puede evitar que se vaya depositando una cierta cantidad de sudor en la mecánica y en la madera. Pero esto se puede eliminar fácilmente con un paño suave. Las paredes interiores tanto del tudel, de la tudelera y de la parte derecha de la culata (visto desde la perspectiva del músico), son muy afectadas por la humedad de condensación de agua. A través de la tudelera y la culata, se desliza para secar un paño especial de ante con un cordel y un nudo para estirar de él, mientras que para el tudel acodado existen escobillas especialmente diseñadas. Para el cuerpo central de graves y la campana se utiliza un cepillo con cerdas suaves similar a los de limpieza de botellas. La mecánica también se debe repasar, aquí y allá, con un paño para limpieza de plata.
Para su conservación también es importante disponer de un lugar seguro donde alojarlos cuando no van a ser usados o simplemente para transportarlos. Hay una gran variedad de estuches disponibles, los más pesados ofrecen una mejor protección para el instrumento, mientras que los más ligeros, a menudo con correas de función mochila, son mucho más fáciles de transportar. La oferta para los fagots más pequeños suele limitarse al estuche con el que se suministran, pero los modelos de tamaño completo se pueden guardar en cualquier estuche dedicado a estos instrumentos, por lo que las opciones para explorar se multiplican. Siempre que sea posible, los estuches ligeros son preferibles, ya que ayudan a evitar la tensión excesiva en la espalda y los hombros del músico en los traslados.