La flauta debe limpiarse completamente siempre después de tocar y tanto por dentro (paño normal) como por fuera (paño de microfibra). Esto sobre todo con las flautas de plata, pero también con las de aleaciones doradas que acumulan rápidamente restos de grasa o sudor de la piel.
Para ello debes desmontar la cabeza y el pie de forma inversa a como los has montado. Las tres piezas deben volver a su estuche primeramente, de forma que las podrás asir una a una con la mayor seguridad para limpiarlas. Envuelve con un paño de algodón la varilla de limpieza de manera que puedas introducirlo dentro de la flauta sin riesgo de arañarla en su interior. Ahora procede a limpiar las piezas, una a una, de la siguiente manera:
En las llaves están situadas las almohadillas. Estas están compuestas de un material elástico (compuesto por un cartón con capa de fieltro y la llamada piel de pescado de finísimo intestino de oveja), y tienen la función de cerrar de forma hermética los orificios tonales. Las almohadillas son una parte muy sensible de las flautas traveseras, por eso nunca se deben tocar con las manos o con el paño de limpieza. Las almohadillas de hoy en día, en los instrumentos profesionales, son en parte fabricadas de material sintético, favoreciendo la mínima atenuación del tono, una mejor resonancia y mayor durabilidad (Straubinger Pads, JS Gold Pads entre otros).
Tras cierto tiempo, la plata en la mayoría de las flautas decolora produciendo manchas negras en ciertos puntos. Puedes limpiar tu flauta de plata cuidadosamente con un paño adecuado para este material. Pero no debes hacerlo muy a menudo, porque siempre se perderá una porción del plateado. Evita el pulir las llaves, porque se pueden doblar con mucha facilidad, y cerca de ellas hay pequeños muelles y ejes que pueden torcerse fácilmente. Esto es recomendable que lo haga un especialista.
La flauta tiene una delicada mecánica a la que hay que proporcionar aceite especial cada cierto tiempo. Las almohadillas deben cambiarse cuando están gastadas. Tampoco debemos dejar abandonada una flauta travesera montada por mucho tiempo, porque se llenará de polvo e incluso podría oxidarse. Debes evitar dejar la flauta cerca de ventanas abiertas, expuesta al sol o cerca de la calefacción, porque la piel de las almohadillas reacciona a los cambios y variaciones de temperatura y humedad. Además los paños de limpieza no deben conservarse dentro del estuche de la flauta, porque la flauta rápidamente atraerá el polvo, y las almohadillas la humedad, con el consiguiente riesgo de dañarse.