Es muy interesante escuchar que las flautas son uno de los instrumentos musicales más antiguos que se han escuchados. Al norte Krems, en el Danubio (baja Austria), se encontró en las montañas de viñas una flauta de hueso de 19.000 años de antigüedad, que había sido tallada partiendo de la tibia de un reno. No es el único hallazgo de esa categoría.
En el Renacimiento, la flauta travesera comienza a desligarse del silbato travesero como instrumento artístico. La flauta del Renacimiento todavía estaba compuesta de una sola pieza. Sin embargo la flauta travesera barroca fue construida posteriormente ya en tres piezas (cabeza, cuerpo y pie). En el Clásico, la flauta recibió como añadidura las llaves.
Pero la innovación definitiva en la construcción de flautas llegó tras el Clásico, y sucedió gracias a la revolucionaria aportación de Theobald Böhm (1794-1881). El flautista y constructor de flautas aportó el diseño de la forma actual (de nuevo cilíndrica). En 1832 Theobald Böhm desarrolló un sistema de llaves cromático que llevó los orificios a una configuración considerando el punto de vista acústico.
Actualmente prácticamente todas las flautas modernas se ajustan al llamado sistema Boehm. Este sistema además se ha extendido también a otros instrumentos de viento madera (por ejemplo el clarinete).