A diferencia de los instrumentos de cuerda, en la afinación del cajón no se trata de la corrección de la altura de tono, sino de la optimización de la característica sonora y de la eliminación de ruidos indeseados.
En cuanto a la medida del ajuste que se puede practicar en un sentido u otro para la atenuación y modificación del sonido, hay que tener mucha precaución: ¡Unas cuerdas demasiado tensadas o unos tornillos demasiado apretados pueden llevar a dañar el cajón!
En algunos casos este tipo de ajustes también pueden dar como resultado un empeoramiento general del sonido.
En algunas situaciones puede ser que para cierto estilo musical o dependiendo de las condiciones acústicas los tonos graves tengan una resonancia demasiado larga. En este caso puede ayudar el colocar un trapo o similar dentro del cajón, y según el grado de atenuación que se quiere aplicar acercarlo más o menos a superficie batiente. También pueden atenuarse las cuerdas en un cajón String si producen ruidos de contacto indeseados o si resaltan de forma demasiado dominante. En algunos cajones también encontramos tensores colocados sobre las cuerdas a los que se les puede ajustar la tensión. Si no se dispone de estos tensores o no solucionan por completo el problema se pueden usar unas bandas adhesivas para atenuar las cuerdas.
En la mayoría de los cajones String se puede ajustar la tensión de las cuerdas desde la parte de abajo con una llave Allen. No obstante muchos fabricantes lo desaconsejan por completo, o cuanto menos recomiendan no sobrepasar una determinada cantidad de vueltas de rosca para el ajuste.
Para conseguir buenos resultados hay que tener buena sensibilidad en los dedos, un poco de experiencia y buen oído. Como orientación podemos decir: Unas cuerdas demasiado tensas producen a menudo un molesto siseo, mientras que unas cuerdas demasiado flojas pueden llevar a ruidos de trasteo. Por tanto hay que actuar con mucho tacto hasta encontrar el punto intermedio de ajuste óptimo.
Algunos cajones también ofrecen la posibilidad de despegar la superficie batiente del cuerpo por medio de unos tornillos ubicados en la parte superior externa, de forma que se obtiene el característico sonido Snare del cajón peruano. Esta función se conoce a menudo como Clap-Corners.
Por último todavía un método sin riesgos para modificar el sonido del cajón: La reducción del tamaño de la abertura de resonancia, por ejemplo con una cinta adhesiva y un pedazo de cartón, resulta en un grave más seco y profundo. Algunos cajones del mercado ya incorporan incluso un disco con función de corredera en la abertura con este fin.